Boca le ganó la pulseada a River y se quedó con Martín... El 14 de septiembre de 1997, debutó en la victoria por 2 a 1 ante Newéll´s. Comenzó con más dudas que certezas, pero se terminó afianzando y convirtiéndose en ídolo xeneize. Allí fue bicampeón local, campeón de la Copa Libertadores y del Mundo, marcando los dos goles decisivos para quedarse con la Intercontinental. Martín no entró a Boca con el pie derecho. Su pase tardó más de un mes en concretarse.
Estudiantes no quería desprenderse de él, pero finalmente lo hizo por la suma de 4 millones de dólares. En junio de 1997 dejó el club de sus amores para viajar al equipo más grande de Argentina. Boca lo esperaba en medio de una crisis que se reflejaba en los cinco años sin ganar un campeonato. Tardó en adaptarse y los medios de difusión nacionales empezaron a poner en duda su juego. Todo parecía indicar que iba a terminar como otros tantos delanteros que pasan por Boca sin pena ni gloria. Le criticaban que sólo sabía cabecear. Su primer gol con la camiseta de Boca fue el 30 de septiembre de 1997 en la séptima fecha del torneo Apertura, el rival era Independiente y el arquero Farid Mondragón. A partir de ese momento Palermo iba a demostrar que no estaba dispuesto a pasar desapercibido en Boca, la hinchada dudaba de la capacidad de él y era criticado por sus actuaciones, porque no cumplía -según ellos- con la función que tenía, la de hacer goles. En la décima fecha del torneo Apertura 97, Boca tenía que enfrentar a su archirrival. El partido contra River era una prueba de fuego para Martín y, como siempre, respondió con lo que mejor sabe hacer, goles. River se puso en ventaja con gol de Berti. En el segundo tiempo el “Huevo” Toresani empató el partido. A los 22 minutos Martín consiguió el triunfo. En un corner para Boca, se produjeron muchos forcejeos en el área y en ese instante, Palermo se elevó más alto que todos los demás y con un cabezazo de pique al suelo decretó el gol. Se sacó la camiseta y bajo la lluvia festejó con todos los hinchas, quizás con un poco de bronca acumulada porque las cosas, hasta ese momento, no le habían salido como él esperaba.
En su tiempo jugando para Boca, se puede decir que Martín ya tiene de “hijo” a River. Pero ésta paternidad tiene su historia. Jugando para Estudiantes ya le hizo varios goles. Por contar algunos ejemplo de lo que se está afirmando podemos recordar un partido en particular, jugado por una de las tantas copas de verano, dónde Palermo se despachó con tres goles para la holgada victoria de Boca por 3-0 contra su archirrival. El primero a los 15 minutos de la etapa inicial. Luego de un tiro libre que ejecutó Riquelme desde la izquierda, Palermo entró por la derecha, paró la pelota con el pecho y con un zurdazo certero venció a Burgos, al cuál la pelota le pasó por entre las piernas, en el segundo tiempo, a los 6 minutos, Palermo recibió otra pelota de Riquelme y ésta vez desde afuera del área despidió un zurdazo ante la salida desesperada de Burgos. A los 27 minutos Palermo le puso el moño a una actuación fantástica. Sobre la izquierda, lejos del arco, tras un saque de Burgos que no pudo dominar Hernán Díaz, el delantero tomó la pelota, vio al arquero adelantado, patió un zurdazo desde 35 metros aproximadamente que fue camino hacia la red ante el regreso desesperado del guardametas. El 24 de mayo del 2000 quedará guardado en la memoria y en el corazón de todos los hinchas Xeneizes, como uno de los días más gloriosos en la historia del club y particularmente como el día de: Martín Palermo. Se jugaba la revancha de los cuartos de final de la Copa Libertadores ante River. Boca debía ganar por dos o más goles de ventaja para pasar automáticamente a las semifinales de la Copa (en el encuentro de ida había caído 2 a 1, en el Monumental). Cuando el reloj marcaba 77’ ingresó al campo de juego Martín Palermo, luego de 6 meses de inactividad por la rotura de ligamentos cruzado. En ese momento la Bombonera explotó, menos el sector visitante, que se quedó mudo del miedo que le agarró. La noche no podía ser más perfecta: apenas ingresó, Riquelme (de penal) puso el partido 2 a 0. Pero eso no era nada a comparación de lo que faltaba venir. A siete minutos del final del encuentro, Palermo recibió la pelota dentro del área rival, giró muy lentamente, ante la mirada atenta de los defensores millonarios, le pegó al balón y lo colocó junto al palo derecho del arquero Bonano y GOOOOL, 3 a 0 ¡¡¡y a festejar!!! Palermo lloraba de la alegría, la 12 gritaba como nunca y no era para menos, Boca pasaba a la semifinal de la Copa Libertadores de América y dejaba afuera a River, su eterno rival. Si para ese entonces, Palermo ya era muy querido por todos los boquenses, esa noche, sin lugar a dudas, se metió definitivamente en el corazón de la Mitad Más Uno. Gimnasia y Boca se enfrentaron en la fecha decimosexta del torneo Apertura 97. Los dos equipos peleaban, junto a River el campeonato; el que perdía se olvidaba. Además de éstos factores que influían en el partido, se agregaba uno más: era el primer partido de Martín Palermo contra Gimnasia jugando para Boca. Es de público conocimiento que Palermo es hincha fanático de Estudiantes, por lo que la hinchada de Gimnasia lo recibió muy mal. Para exteriorizar aún más su fanatismo, ese día tenía puesto unos botines rojos con vivos blancos. El partido era muy trabado y sin goles, parecía que el mayor favorecido era River, ya que sacaba dos puntos de diferencias a su inmediato perseguidor Boca, pero todavía quedaban algunos minutos y Martín los sabe aprovechar, luego de un centro desde la derecha y con la tribuna de Gimnasia detrás, Palermo se elevó y con un cabezazo cruzado estableció el 1-0 definitivo. Pero no termina ahí, más allá de lo que el gol significaba para Boca, porque seguía en la lucha por el campeonato, Palermo lo festejó con alma y vida por su pasado Pincha, salió desaforado gritando el gol frente a toda la hinchada gimnasista, se dirigió al banco de suplentes de Gimnasia y le dió la mano a Grigoul en un gesto de grandeza, después frente a la platea techada de Gimnasia se besó los botines albirrojos, lo que provocó la ira de los hinchas locales. El 7 de diciembre de 1997 no fue un día más en la vida de Martín, la gente de Estudiantes no se olvida de ese gesto, porque el corazón de Palermo es rojo y blanco. Palermo se enfrentaba por segunda vez a su rival particular, esta vez fue nuevamente el jugador imprescindible para poder ganar. Boca ganaba 1-0 con gol de Fabbri. El “Pampa” Sosa se encargó de empatar el partido, todavía en el primer tiempo, en la etapa final, Palermo se enchufó e hizo dos goles, en el primero recogió un rebote dentro del arco y de zurda venció al arquero del “Lobo”, Enzo Noce, el segundo fue un gol típico de él: luego de un centro desde la derecha se elevó y con un gran cabezazo introdujo la pelota en el centro del arco, para sorpresa de todos y para que dejen de criticarlo por sus festejos excéntricos, sólo gritó los goles, aunque en uno hizo como si se hubiese desmayado, de esa manera Palermo hizo los dos goles para sentenciar la victoria de Boca contra Gimnasia y él en particular con la hinchada tripera que lo había insultado todo el tiempo. Con el pasar de los partidos y a fuerza de goles se fue ganando la confianza del técnico y de los hinchas, en su primera temporada con la camiseta de Boca convirtió 8 goles. En el segundo torneo con Boca, Palermo se afianzó junto con su ex-rival Guillermo Barros Schelotto y formaron una dupla temible, quizás la mejor de toda Argentina, convirtió doce goles, pero no fue el máximo artillero del campeonato, Boca no consiguió ganar el título y el técnico Héctor Veira tuvo que dejar su cargo. Llegó Carlos Bianchi (goleador de Vélez en la época del '70) y Palermo aprendió mucho y el nuevo DT le dió toda su confianza y él respondió con lo que mejor sabe hacer: goles. En su primer torneo como director técnico de Boca, Carlos Bianchi consiguió el tan ansiado título que hacía ya seis años que los hinchas xeneizes lo estaban buscando. Gran parte de ese campeonato se lo deben a Martín Palermo, que le dió varios puntos con goles importantísimos en los últimos minutos. Se recuerdan dos partidos en especial: el gol del triunfo contra Talleres de Córdoba, en tiempo de descuento (fecha 15º) y los dos goles ante Rosario Central, específicamente el segundo de palomita faltando un minuto para la finalización del encuentro (fecha 16º). En la fecha número quince del torneo Apertura 1998. Boca buscaba el tan ansiado campeonato. El rival de turno era Talleres. En una tarde lluviosa, el partido comenzó con un gran gol de Guillermo Barros Schelloto, el equipo cordobés empató el partido. De ahí en más se dedicó a defenderse y Boca no encontraba la manera de romper la valla del arquero Cuenca. El tiempo se acababa y el partido parecía que iba a terminar con un empate, con sabor a derrota, con jugadores dirigidos técnicamente por Carlos Bianchi. Pero en los minutos adicionados apareció el gran goleador, Guillermo robó una pelota y se fue por la derecha, desbordó y tiró el centro al primer palo. Allí la fue a buscar Palermo y con un toque de zurda, mandó la pelota dentro del arco. De ahí en más fue un delirio incontrolable. Martín, en medio de la locura, se dirigió al banco de suplentes y abrazó a su técnico, de ésta manera, Boca seguía soñando con un campeonato que con el pasar de las fechas se iba convirtiendo en realidad. El partido contra Central en Rosario definía el campeonato, con un triunfo Boca quedaba muy cerca del campeonato. Pero los locales se pusieron en ventaja con un gol de Maceratesi. Palermo se hizo presente en el marcador y estableció el empate de penal en una cancha donde a Boca siempre le fue mal con los tiros desde los doce pasos. Martín demostró su personalidad, tomó la pelota y con un fuerte zurdazo al medio del arco puso la transitoria igualdad. Al minuto, Diego Cagna hizo el segundo gol y colocó a Boca adelante en el marcador. En la parte final Central llegó nuevamente al empate y parecía que el partido estaba terminado, aunque en realidad, para Palermo faltaba todavía lo mejor. Serna tiró un centro del lado izquierdo, casi de la mitad de cancha, era un centro común, esos que son siempre rechazados por los defensores sin ningún problema, pero Palermo estaba en el área y eso es peligroso, fue a buscar la pelota y con una hermosa palomita mandó la pelota a la red, de ahí en más todo fué como siempre. No sólo brilló en ese campeonato, sino que también fue el goleador con 20 goles en 19 partidos (en realidad fueron 18 partidos porque hubo uno en el cuál no jugó por estar suspendido). Esa cantidad de goles todavía no fué superada y por su destacada labor dentro de la cancha fué nombrado por los periodistas de todo el continente el Mejor Jugador de América en el año 1998. Con la tranquilidad de haber conseguido un campeonato con Boca, el equipo de Carlos Bianchi encaró el torneo Clausura 1999 con mucha tranquilidad, logró el bicampeonato jugando de gran manera. Palermo ya se había transformado en una pieza fundamental e imprescindible para el funcionamiento del equipo. Logró 12 goles, pero no jugó todos los partidos, porque pasó algunas semanas con la Selección Nacional preparándose, sobre la base de amistosos, para la Copa América que se iba a realizar en Paraguay. Se convirtió en el jugador más importante del país, su corte de pelo era imitado por todos los chicos y se vendían máscaras con su cara, empezaron a llegar las ofertas de los clubes más poderosos del mundo, como el Atlético de Madrid, la Lazio o el Milán.
